微生物化学研究所での研究成果を、広く社会で役立てるために、組織横断的なプロジェクトチームが作られている。 現在進行中の、主なプロジェクトは、以下の通りである。

• トリプロペプチン
• プリオナーゼ
• アミコラマイシン
• CPZEN-45